破译“马友鱼”基因密码：四指马鲅近T2T级全基因组组装完成

近日，我校伟德国际victor1946鱼类遗传育种与增养殖团队成功构建了四指马鲅（Eleutheronema tetradactylum）的首个“近端粒到端粒”（Near T2T）级高质量全基因组图谱。这一成果不仅填补了该物种高精度基因组信息的空白，更为这一重要经济鱼类的遗传育种、种质资源保护及进化研究提供了关键的“数字地图”。相关研究成果已在国际学术期刊《Scientific Data》上发表。

四指马鲅，俗称“马友鱼”或“午鱼”，广泛分布于印度-西太平洋海域，因其生长快、肉质鲜美而备受水产养殖业和消费者青睐。然而，长期以来，由于缺乏高质量的基因组资源，关于其种群遗传结构、进化历史以及重要经济性状的解析一直受限。此前的基因组版本存在大量间隙（gaps）和结构不连续的问题，难以满足深入研究的需求。

为了攻克这一难题，研究团队采用了目前最先进的测序策略，结合了PacBio HiFi高保真测序、Oxford Nanopore（ONT）超长读长测序以及Hi-C染色质构象捕获技术。这种“长短结合”的策略如同使用不同倍率的显微镜，既保证了序列的准确性，又实现了超长片段的连续拼接。

组装结果显示，新的四指马鲅基因组全长为585.38 Mb，Contig N50高达22.14 Mb，高达98.76%的序列被精准锚定到了26条染色体上。值得一提的是，该组装实现了惊人的连续性，其中10条染色体（如Chr1, Chr4, Chr5等）实现了完全的端粒到端粒（T2T）无间隙组装，这意味着这些染色体的序列被完整地读取，没有任何遗漏。在基因完整性评估（BUSCO）中，该基因组得分高达99.53%，被认为是目前该物种质量最高的参考基因组。

这一近T2T级高质量基因组图谱的发布，兼具产业赋能与生态保护的双重战略意义。作为水产育种的“数字导航”，该无间隙基因组将大幅提升对生长、抗病等关键经济性状基因的挖掘效率，加速优质新品种的分子育种进程，打造水产种业“芯”动力。同时，针对四指马鲅野生资源衰退及“近危”现状，这一精准的遗传图谱为解析种群遗传结构提供了关键依据，不仅填补了高质量参考基因组的空白，更为制定科学有效的种质资源保护与恢复策略奠定了坚实基石。

未来，研究团队将进一步在此高质量基因组平台基础上，开展与生长、品质、抗逆等经济性状相关的全基因组关联分析和功能验证工作，并计划联合国内外科研机构与育种企业，共同推动四指马鲅分子育种及资源保护的协同创新，努力把这一“近 T2T”基因组成果转化为服务渔业绿色高质量发展的“硬核生产力”。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41597-025-06352-3