海洋牧场重要品种金鲳（Trachinotus anak）单倍型T2T基因组组装完成

近日，我院鱼类团队首次构建了金鲳（阿纳鲳鲹，Trachinotus anak）雌性个体的两套单倍型端粒到端粒（T2T）级别高质量基因组，为金鲳的遗传改良、分子育种提供坚实的基因组基础，助力海洋牧场建设。相关研究成果已在国际学术期刊《Scientific Data》上发表。我校为该论文第一完成单位，伟德国际victor1946王焘博士为论文第一作者，陈华谱教授为通讯作者。

阿纳鲳鲹，俗称金鲳，主要分布于西太平洋的热带和亚热带海域。其肉质鲜嫩、无肌间刺、风味优良，深受消费者喜爱；同时具有游速快、环境适应力强、生长快速等优势，因而成为海水养殖特别是深远海养殖重点推广的优质鱼类品种。近年来，阿纳鲳鲹在我国东南沿海的养殖规模迅速扩大，2024年全国阿纳鲳鲹产量已突破30万吨，居我国海水养殖鱼类年产量之首。

本研究整合PacBio HiFi、Oxford Nanopore超长读长以及Hi-C空间构象捕获等多组学技术，对其基因组进行了系统组装。研究团队成功获得两套T2T级别的单倍型基因组（hapA与hapB），大小分别达到663.78 Mb和661.09 Mb，24条染色体全部实现gap-free无间隙装配，并完整解析出全部48个端粒结构。两套基因组的Contig N50分别达到28.62 Mb和29.02 Mb，BUSCO完整度高达98.9%与99.0%，k-mer QV值达到70.45与68.66。基因注释结果显示，两套基因组分别预测出23,118与23,119个蛋白编码基因，其中超过99.7%获得功能注释。与先前的基因组版本相比，本研究获得的T2T级别组装在连续性、完整性和准确性上均有大幅提升，将成为开展阿纳鲳鲹及其他鲹科鱼类分子育种、功能基因组学研究及演化研究的重要基础资源，对推动海水鱼类遗传育种技术的发展具有深远意义。

论文链接：

https://doi.org/10.1038/s41597-025-06345-2